L'humanité connaît depuis longtemps plusieurs facteurs reliés à la maladie. Les premières civilisations en Crète, Inde, Pakistan et Écosse ont inventé les toilettes et les égouts; les bains, datant approximativement de 2800 B.C.,ont été retrouvés aux îles Orkney et dans des maisons au Pakistan. Un archéologiste a affirmé: "Les équipements sanitaires de cette époque [ ~2500 B.C.] pourraient être enviés dans plusieurs parties du monde, encore aujourd'hui ". À Rome, en 315 A.D., les toilettes publiques étaient des endroits où les gens socialisaient et faisaient des affaires. De dix à vingt personnes pouvaient s'asseoir dans une même chambre tandis que leurs excréments étaient entraînés par l'eau courante. Les chinois utilisaient le PAPIER DE TOILETTE dès 589 A.D. En Europe, de la mousse et de la paille étaient utilisés aux mêmes fins.
Les premières villes à utiliser des conduites d'eau (en argile) étaient situées dans la vallée de l'Indus, en Inde, autour de 2700 B.C. Des tuyaux de métal ont été trouvés en Égypte (2450 B.C.) et le palais de Knossos en Crète autour de 2000 B.C. avait des tuyaux d'argile. Les romains ont construit des aqueducs et des fontaines à travers leur empire afin de s'assurer d'un approvisionnement d'eau propre. Rome avait un "COMMISSAIRE DES EAUX" responsable de la qualité de l'eau; la peine capitale était prononcée pour la pollution des approvisionnements d'eau. La chute de l'empire romain a été attribuée par certains aux effets du plomb contenu dans les tuyaux.
La plupart des anciennes peuplades ont reconnu que certaines maladies étaient communicables et conséquemment isolaient les individus qu'on soupçonnait de porter "l'infection". L'isolement universel imposé aux lèpreux en est un exemple que l'on retrouve encore aujourd'hui, de même que l'isolation des familles atteintes par le virus Ebola en Afrique, suivi de "la purification par le feu". Des villages entiers ont été abandonnés en Europe à l'époque où la mort noire, la peste, faisait des ravages (qui a vu "Un hussard sur le toit?"). De la même manière, au moyen âge, les riches allaient se cacher dans leur résidence à la campagne lors d'épidémies de variole. Il a sûrement été reconnu à plusieurs reprises à travers l'histoire que certaines personnes, après avoir survécu à certaines maladies, en sortaient "immunisées". Souvent, ces survivants étaient enrolés pour prendre soins des malades. Les médecins grecques et les romains prescrivaient fréquemment des diètes et des exercices comme traitement à la maladie.
Malheureusement, nous savons aujourd'hui que ces connaissances
n'ont pas beaucoup aidé la plupart de nos ancêtres puisque,
juqu'à ces 200 dernières années, l'infection était
la principale cause de mortalité. Encore aujourd'hui, approximativement
15,000,000
D'ENFANTS MEURENT CHAQUE ANNÉE, principalement d'infections
mortelles qui pourraient être prévenues par des mesures sanitaires
de base, l'immunisation et des traitements médicaux simples. On
peut se demander où nous en sommes par rapport au traitement des
maladies. Quelqu'un veut se risquer à répondre?
Figure 1. Antony van Leeuwenhoek. Un cas classique de découverte due au hasard: Leeuwenhoek a découvert les bactéries en voulant fabriquer de meilleures lentilles afin de juger de la qualité des tissus qu'il achetait.
Anciennement, des masses microbiennes, telles que des colonies bactériennes ou des moisissures, ont certainement pu être observées. Cependant, il est peu probable que ces aggrégats ai été considérés comme des organismes vivants.
Robert Hooke a été la première personne connue à avoir noté ses observations de microbes au microscope. Il a observé la structure cellulaire de plantes à l'aide d'un microscope combiné autour de 1665. Il a aussi vu et dessiné des fungis. Cependant, il n'a apparemment pas dû observer de bactéries, étant donné la faible qualité des lentilles qu'il utilisait.
Anton van Leeuwenhoek
a été un précurseur. Bien qu'il n'ait pas été
l'inventeur du microscope, ou le premier à se servir de lentilles
grossissantes, il a été le premier a observer et à
décrire des microbes. On sait qu'il était un marchand de
tissus vivant à Delft, en Hollande et qu'il
utilisait des lentilles grossissantes pour inspecter la qualité
du tissage de la marchandise qu'il achetait. Lors d'un voyage d'affaire
en Angleterre en 1668, il a pu voir des dessins d'agrandissement de tissus
bien plus détaillés que tout ce que les lentilles alors disponibles
en Hollande pouvait permettre. Dès son retour en Hollande, il
s'est mis au polissage de lentilles. Étant méticuleux,
il a développé son art à un niveau qui lui a permis
d'observer des détails inattendus. On peut supposer qu'en testant
un échantillon d'eau d'un étang ou une autre source riche
en microbes, il a été surpris d'observer avec son petit microscope
de minuscules organismes aux formes particulières se
déplaçant apparemment dans un but précis. Il
a alors fabriqué des centaines de microscopes, d'or et d'argent,
observant tout sur son passage, entre autre le tartre sur ses dents et
son sperme. Ses meilleures lentilles pouvaient grossir de 300 à
500 fois, ce qui lui permit d'observer des algues microscopiques, des protozoaires
et les plus grandes bactéries (quel
était le pouvoir de résolution de ses microscopes?).
Il
avait de toute évidence une très bonne vue
puisqu'il a pu dessiner des images précises de microbes qui étaient
à la limite du pouvoir de résolution de ses lentilles. Il
utilisait une lentille unique, et non une combinaison de lentilles, tel
que ce que nous utilisons de nos jours; ce qui rend ses observations encore
plus surprenantes. Il a alors écrit un rapport de ses observations
à la Société Royale de Londres en 1676,
en y incluant plusieurs esquisses. Il a étonné la communauté
scientifique en affirmant que les petites choses qu'il observait avec ses
lentilles étaient VIVANTES, étant donné qu'elles nageaient
de façon volontaire. Plusieurs personnes se sont alors ruées
chez Leeuwenhoek afin de vérifier si il était fou ou visionnaire.
Seulement quelques minutes avec un de ces nombreux microscopes était
tout ce qui était nécessaire pour convertir ces visiteurs
en fidèles inconditionnels, convaincus de l'existence de ces animalcules
vivants
tout autour d'eux. Sa découverte serait l'équivalent de la
découverte de la vie sur Mars de nos jours.
Figure 2. Une copie d'un des microscopes de Leeuwenhoek. Sa famille les a tous fondus pour l'or et l'argent après sa mort. Cette copie a été faite à partir des descriptions qu'il a laissées. Les échantillons étaient placés sur la pointe et positionnés de façon à être devant la lentille. L'ensemble était placé de façon à ce que la lumière diurne passe au travers du spécimen. L'observateur pouvait alors regarder à travers la lentille le matériel illuminé.
Plusieurs scientifiques et personnes de la bonne société lui ont rendu visite afin de voir ces petits "animalcules", incluant le Tsar de Russie et d'autres têtes couronnées. Tous étaient traités avec les mêmes égards, et Leeuwenhoek refusait de laisser toucher ses microscopes. Il préparait plutôt ses échantillons et laissait les visiteurs regarder brièvement à travers la lentille. Bien qu'un observateur hors pair et un excellent scientifique, il a commis l'erreur de ne laisser personne copier ses techniques et vérifier ses résultats. De ce fait, et parce que personne à l'époque n'a pensé relier la présence de ces petits organismes aux maladies, la microbiologie a pris un retard de 200 ans avant de se développer.
En vous mettant dans le contexte de l'époque, imaginez-vous l'effet qu'a pu avoir la découverte d'une forme de vie invisible à l'oeil nu. D'après vous, à quelles origines attribuait-on ces formes de vie?
Semmelweiss a t'il appliqué la méthode scientifique?
Est-ce que des choses semblables pourraient se produire de nos jours? (voir un résumé de ce problème dans About Microbes (lien inactif)).
Figure 3. L'expérience de Redi démontrant que les vers ne sont pas spontanément produit dans la viande putréfiée.
L'Expérience de Redi, de part son éloquente simplicité, a été importante. Quiconque pouvait la répéter et obtenir les mêmes résultats. Néanmoins, la théorie de la G.S. avait la vie dure, alors que d'autres continuaient à concevoir des expériences pour la tester. Dans tous les cas, la majorité de ces expériences ont permis de rejeter la G.S. Le débat intellectuel suscité par cette controverse a fortement contribué au développement de ce qu'on appelle maintenant la MÉTHODE SCIENTIFIQUE, alors que les protagonistes questionnaient les hypothèses des uns et des autres et plus pertinemment, leur méthodes expérimentales (voir le chapitre 5 des notes de Hurlbert à ce sujet). Ces discussions ont stimulé la conception de meilleures expériences (avec de bons contrôles) et ont finalement persuadé tous sauf les plus récalcitrant à rejeter la G.S. comme une explication valable de la provenance des formes de vie supérieures. Puis, au 19ème siècle, le raffinement du microscope, par lequel on pouvait voir de nouvelles petites formes de vie, donna un second souffle aux adeptes de la G.S. Le "bon sens" a encore trompé les gens (que veut-on dire par là?). Avec l'acceptation de la vie microscopique, on a conclut que cette forme de vie devait être simple par rapport à celle des plus grands organismes et alors, qu'elle pouvait se produire par G.S. Comme nous le verrons plus loin, petit n'est pas nécessairement simple! Les discussions ont repris de plus belle dans les salons et les labos. Certains scientifiques ont réalisé des expériences élémentaires en chauffant des soupes et des bouillons, qui se contaminaient rapidement après quelques jours lorsque non traités, en se demandant si "La vie réapparaîtrait dans ces bouillons stériles". Spallanzani, dès 1765, a bouilli des "soupes" dans des contenants de verre puis les scellait à la chaleur. L'observation d'une absence de contamination suggéra que la G.S. ne tenait pas la route. Cependant, les détracteurs de Spallanzani ont très justement critiqué ses expériences en retorquant que puisque l'air était nécessaire à la vie et puisque les flacons étaient privés d'air, il était évident qu'aucune vie ne pouvait apparaître. D'autres soupes bouillies présentaient une contamination, mais la plupart des données de l'époque tendaient malgré tout à rejeter la G.S., même pour les "simples" microbes.
En 1859, Louis Pasteur,
un des fondateurs de la microbiologie moderne entreprit de régler
cette question de G.S. une fois pour toute. Étant
doué pour concevoir des expériences décisives,
Pasteur forma le bec de flacons de telle sorte qu'il resta ouvert à
l'air, mais plié afin que l'air ai à y suivre un chemin tortueux.
Il ajouta ensuite un bouillon et le bouilli pour le stériliser.
Ces flacons furent ensuite incubés et observés durant des
mois. Il pensait que les microbes contenus dans l'air qui pouvaient contaminer
le bouillon seraient emprisonnés sur les parois de verre du long
bec avant d'atteindre le bouillon stérile.
Si
la G.S. n'existait pas, aucune croissance ne devait être observée.
C'est exactement ce qui se produisit, et les flacons restèrent stériles
indéfiniment, jusqu'à ce que Pasteur penche le flacon pour
que le milieu stérile atteigne les courbes du bec, où il
avait prédit que les microorganismes s'échoueraient. Par
suite de ce contact, les bouillons étaient toujours
contaminés (Question: qu'est-ce que cela démontrait?).
Ces expériences ont signé la fin de la controverse au sujet
de la G.S. parce qu'elles étaient si simples, si élégantes,
si faciles à reproduire, et le résultat si clair.
Figure 4. L'expérience des flacons en col de signe de Pasteur. Cette expérience a cloué le cercueil de la théorie de la génération spontanée parce qu'elle était si simple, si facile à répéter avec les moyens du bord, tout en donnant des résultats non-équivoques. Il est cependant important de noter que peu d'expériences scientifiques sont aussi simples.
Par la suite, le fait que certains bouillons bouillis ne se soient pas conservés a été expliqué par la découverte de spores de résistance bactériens. Certaines de ces spores peuvent supporter plusieurs heures d'ébullition.
Figure 5. Structure d'une spore.
Pasteur a découvert plusieurs des principes de base de la microbiologie et avec R. Koch a établi les fondations de la science de la microbiologie. En 1857, Napoléon III avait des problèmes avec sa flotte, parce que la perte rapide du vin en mer, après seulement quelques semaines, poussait les marins à la mutinerie. Les rêves de grandeur de Napoléon étant alors tenus en échec par quelques barils de vinaigre, il demanda à Pasteur de l'aider. À l'aide de son microscope, Pasteur réalisa qu'il pouvait distinguer les contaminants qui causaient la perte du vin. Il a même réussi à prédire le goût que le vin aurait par la seule observation microscopique. Il a alors supposé qu'en chauffant le vin à la bonne température, il pourrait détruire les mauvais microbes sans gâcher le goût du vin. Ce procédé, maintenant connu sous le nom de PASTEURISATION, a marché exactement comme il l'avait prédit et est à la base du traitement moderne des liquides en bouteilles (voir chapitre 17 de Hurlbert). Il est important de réaliser que la pasteurisation n'est pas une stérilisation. La pasteurisation ne tue que certaines espèces de microbes, mais elle permet à plusieurs autres de survivre, alors que la STÉRILISATION tue tous les microorganismes du matériel traité.
Pasteur a aussi réalisé
que la levure qui était présente dans tous les vins était
responsable de la production de l'alcool. Quand il présenta sa découverte,
plusieurs scientifiques renommés l'ont confronté, parce que
la théorie de l'époque voulait que la formation du vin fut
le résultat de changements spontanés se produisant dans le
raisin. Pasteur a été furieusement attaqué lors des
congrès scientifiques, mais il a eu le dernier mot, lorsque l'on
réalisa que l'on pouvait contrôler la qualité du vin
en contrôlant la qualité des levures qui le produisait. Ces
résultats ont donc été reproduits rapidement, et ses
détracteurs réduits au silence.
Figure 6. Levure bourgeonnante.
Quelles barrières venaient d'être franchies par la microbiologie, grâce aux travaux de Pasteur?
Pasteur a aussi fondé l'IMMUNOLOGIE MODERNE (Chap. 16 de Hurlbert) lorsqu'il a réalisé que des poussins étaient immunisés à une maladie bactérienne si on leur injectait un forme affaiblie de la bactérie pathogène. Alors qu'il travaillait sur le choléra ovin, il a injecté certains poulets avec une vieille culture de la bactérie pathogène. Les poulets ne mourrant pas, il a réalisé que la culture n'était désormais plus pathogène, peut-être parce que morte. Alors qu'il répétait son expérience avec des cultures de bactéries fraiches, seulement certains poulets sont morts. En questionnant son technicien au sujet de la provenance des poulets, il a appris que les poulets qui n'étaient pas morts étaient ceux à qui il avait précédement injecté le vieux mélange de cellules mortes. Dans un éclair de génie, il a alors réalisé que les vieilles cultures avaient immunisé les poulets. Il en conclut que, sous certaines conditions adverses, un microbe pathogène pouvait perdre sa capacité à produire une maladie, mais pouvait conserver sa capacité à immuniser l'hôte exposé. Il s'est alors lancé dans la production de vaccins contre plusieurs maladies, entre autres le charbon (anthrax), et la rage (rabies) en utilisant cette approche. Encore aujourd'hui, la plupart des vaccins sont fabriqués à partir d'une modification de sa technique. Ce n'est que depuis l'avènement de la biologie moléculaire que nous pouvons développer de nouvelles méthodes de production de vaccins et d'immunisation en général (voir chapitre 16 des notes de Hurlbert).
Durant ses recherches sur les bactéries, deux des filles de Pasteur et son père sont morts de la fièvre typhoïde. Est-ce un autre cas de vengeance des microbes? (voir chapitre 18 des notes de Hurlbert)
PREMIÈREMENT,
isoler
l'agent suspect à partir d'une victime malade
DEUXIÈMEMENT,
cultiver l'agent en culture pure.
TROISIÈMEMENT,
infecter un hôte sain et montrer que l'organisme produit les symptômes
classiques de la maladie
QUATRIÈMEMENT,
ISOLER
le "même" microorganisme à partir de la nouvelle victime.
En général, cette procédure est encore suivie de nos jours. Cependant, il y a des cas où ce n'est pas possible. Par exemple, plusieurs maladies virales humaines (ex: VIH) n'infecte pas d'autres espèces, même pas les primates. Il est alors difficile de poursuivre les étapes 3 et 4. Dans d'autres cas, tels la syphilis et la lèpre il est difficile, sinon impossible de cultiver l'organisme de façon isolée in vitro (en éprouvette), ce qui limite grandement la possibilité d'étudier cet organisme.
UNE AUTRE DÉCOUVERTE DUE AU HASARD: Jusqu'à récemment, peu de femmes ont joué de rôle important en microbiologie. Cependant, cette jeune science doit à une femme le développement d'une technique cruciale. Fanny Angelina Eilshemius est née en 1850 à New-York, d'une riche famille d'immigrants Hollandais. Angelina a rencontré un jeune médecin allemand, Walter Hesse, lors d'un voyage en Europe. Ils se marièrent en 1874. W. Hesse s'intéressa à la microbiologie et rejoignit l'équipe de Koch en 1881. Le Dr Hesse étudia plusieurs aspect en santé publique et aussi le métabolisme bactérien. Sa femme l'assistait. Elle avait du talent pour dessiner les illustrations pour ses publications. Une chaude journée où Walter avait des problèmes à faire un compte bactérien parce que ses plats de gélatine fondaient, sa femme lui a suggéré d'utiliser du AGAR-AGAR, un polysaccharide complexe extrait d'algue marine. L'AGAR-AGAR était alors utilisé comme agent gellifiant en Asie depuis des siècles. Elle l'avait appris dans sa jeunesse à New-York, d'un voisin hollandais qui avait immigré de Java. M. et Mme Hesse ont probablement discuté de l'utilisation de l'agar-agar pour préparer du milieu solide pour les microorganismes, ce qui a par la suite connu beaucoup de succès. Les caractéristiques suivantes ont fait de l'AGAR-AGAR le milieu solide idéal pour la croissance de microbes:
Cet ingrédient de cuisine a révolutionné la science de la microbiologie en simplifiant énormément la culture et la séparation des souches microbiennes. Le Dr. Hesse a continué à faire d'importantes découvertes et réalisations, telle qu'amener la pasteurisation du lait en Allemagne; ce qui a protégé des enfants de la mort par infection de TB, un pathogène intestinal contaminant le lait. Angelina est morte en 1934 alors que R.E. Hurlbert (l'auteur de ces notes) avait un an -c'est dire la jeunesse de cette science, la microbiologie.
À la suite d'une série d'évènement
fortuits, Jenner a été amené à découvrir
l'immunisation et éventuellement contribuer à éliminer
la variole de la surface de la Terre. Étant jeune, il avait vécu
à la campagne et s'était fait dire par une laitière
que: "elle n'avait pas à s'inquiéter pour la variole parce
qu'elle avait eu la vaccine des vaches (cowpox)", une petite maladie bovine
que les laitières attrapent habituellement. Plus tard, comme médecin,
Jenner s'est rappellé l'histoire de la laitière. Posant des
question à son entourage, un homme des environs lui aurait rappelé
le dicton: "Si tu veux une femme qui n'aura jamais
les cicatrices de la variole, mari une laitière". En
1796, il fut finalement convaincu que l'histoire était vraie et
il inocula un garçon de huit ans avec la vaccine des vaches, pour
ensuite lui administrer la variole 8 semaines plus tard.
(Que pensez-vous de cette pratique?). Le garçon n'eut
aucune réaction et Jenner répéta l'expérience.
Lorsque
sa technique fut connue, d'autres la testèrent et en 1903, elle fut
établie en Angleterre. L'Amérique emboîta rapidement
le pas, lorsque Benjamin Franklin encouragea les docteurs à adopter
cette méthode, étant donné les dangers inhérents
de la vieille technique.
Figure 7. Coloration différentielle de cellules sanguines. Ces figures montrent le type de coloration différentielle qui donna à Erlich l'idée d'une "balle magique".